Институтът по математика и информатика на БАН има дългосрочна стратегическа визия за иновационен подход в системата на образованието по математика и информатика на всички нива. Високият научен потенциал на сътрудниците на института е предпоставка за качествено и конкурентноспособно обучение и подготовка на висококвалифицирани специалисти.

ИМИ участва в бакалавърската и магистърската степен на обучение във висши училища в страната в рамките на сключени двустранни договори за сътрудничество или чрез свои специалисти: Софийски Университет – ФМИ, Пловдивски университет “Паисий Хилендарски”, Нов български университет, Югозападен университет “Неофит Рилски” Благоевград, Икономически университет - Варна, Университет по библиотекознание и информационни технологии, Русенски университет „Ангел Кънчев”, ВСУ „Любен Каравелов”, Американски университет в България, Колеж по телекомуникации и пощи София, УАСГ, Европейски политехнически университет Перник, Бургаски свободен университет, ВТУ „Св. Св. Кирил и Методий”, Висше училище за застраховане и финанси София, Академия за музикално, танцово и изобразително изкуство Пловдив и др. Учени от ИМИ участват като лектори в университети в чужбина: Abdus Salam School of Mathematical Sciences в Пакистан, AwesomeMath, University of Santa Cruz и Cornell University в САЩ, Университет на Френските Антили, Университет на Любляна в Словения, Институт за софтуер на Китайската академия на науките и др.

В рамките на договор за сътрудничество с Нов Български Университет в ИМИ се провежда обучение на студенти по три магистърски програми: „Приложна статистика”, „Управление на проекти в информационните технологии” и “Финансово–счетоводен мениджмънт и застраховане”.

От 2012 г. насам на базата на договор за сътрудничество между ИМИ–БАН и Факултета по математика и информатика при СУ „Св. Кл. Охридски”, се осъществяват студентски стажантски програми по математика и информатика. През 2013 г. ИМИ се включи като работодател в проекта „Студентски практики” на МОН, предлагайки над 30 различни теми по математика и информатика. В периода от м. август до м. декември 2013 г. над 10 студенти от различни висши училища в страната направиха по 240-часова практика под научното ръководство на учени от ИМИ.