Институтът по математика и информатика на БАН има дългосрочна стратегическа визия за иновационен подход в системата на образованието по математика и информатика на всички нива. Високият научен потенциал на сътрудниците на института е предпоставка за качествено и конкурентноспособно обучение и подготовка на висококвалифицирани специалисти.

Институтът има споразумения за сътрудничество с почти всички университети в страната за участие в техните образователни програми по математика и информатика, както и за съвместно ръководство на дипломанти, за съвместно обучение на магистри и докторанти.

Такива съвместни магистърски програми са: „Управление на проекти в информационните технологии”, „Приложна статистика” и “Финансово–счетоводен мениджмънт и застраховане” с Нов Български Университет, „Цифровизация и цифрови библиотеки” с Университета по библиотекознание и информационни технологии (УниБИТ). В рамките на тези споразумения се осъществяват краткосрочни и пост-докторантски специализации в ИМИ.

През 2012 г., на базата на договор за сътрудничество между ИМИ–БАН и Факултета по математика и информатика при СУ „Св. Кл. Охридски” бяха реализирани студентски стажантски програми по математика и информатика; общо 11 студенти направиха по 120-часов (3-седмичен) летен стаж под научното ръководство на учени от ИМИ. Очакваме през 2013 г. броят на стажантите да се увеличи и стажовете да станат постоянно действащи. Поради проявения интерес към стажантските програми на ИМИ от страна на студенти от Технически Университет София (ТУ), в рамките на сключен двустранен договор с ТУ, през 2013 г. се очакват стажанти и от този университет.